我国地域辽阔，生态环境丰富多彩，鲟形目鱼类的种类和数量都比较丰富，分布范围广泛，北自黑龙江、额尔齐斯河，南到珠江，以及我国沿海大部分近岸海区都曾有过它们的分布记录，只是随着纬度的降低，其种类和数量都略有减少。
据1834年的有关文献记裁，中华鲟的模式产地是中国。尽管它不是中国特产，但却由于模式产地在中国而出名。后来有人根据当时的中国历史和后人的工作推测是广州。它的分布较广，在我国的渤海的大连沿岸、旅顺、辽东湾、辽河；黄河北部辽宁省海洋岛及中朝界河鸭绿江；山东石岛、黄河、长江、钱塘江、宁波、瓯江、闽江、台湾基雄及珠江水系等。在长江可达金沙江下游；在珠江水系可上溯西江三水封开，北江达乳源，甚至达广西浔江、郁江、柳江；在海南省沿岸亦产。国外见于朝鲜汉江口及丽江和日本九州西侧。
现在中华鲟主要分布于我国长江干流金沙江以下至入海河口，其他水系如赣江、湘江、闽江、钱塘江和珠江水系均偶有出现。